Yönetmeliğin kimi maddeleri 992 sayılı laboratuvarlarla ilgili özel Yasa’ya ve 1219 sayılı hekimlik mesleğinin genel yasası ile mesleğin nitelikli biçimde uygulanmasına ve hastaların sağlık hizmetine erişimine ilişkin hakka aykırı bulunarak iptali talep edildi.
2011 yılında yayınlanan aynı adlı Yönetmeliğin ağır hukuka aykırılıklarının kimileri bu Yönetmelik ile düzeltilmiştir. Ancak, önceki yönetmelikten gelenlerin yanı sıra yeni getirilen kimi hükümler hukuka ve hizmetin gereklerine aykırı bulunduğundan, 9 Aralık 2013 tarihinde iptal davası açılmıştır.
Dava konusu hükümler genel olarak şöyledir:
1. İlgili dal uzmanına ait olan laboratuvar açma yetkisinin sağlık kuruluşlarına verilmiş olması ile bu laboratuvarların mesul müdürünün hastane, tıp merkezi ya da polikliniğin başhekimi/sorumlu hekimi olarak belirlenmiş olması,
2. Tıbbi laboratuvar açılmasının planlamaya tabi tutulması ancak bunun ölçütlerinin belirlenmemesi,
3. Kamu sağlık hizmetlerinin kamu görevlileri eliyle sunulması Anayasa gereği zorunlu iken, hiçbir sınırlama tanımlanmaksızın, özel laboratuvarlardan hizmet satın alınarak sağlık hizmetinin verilmesi,
4. Kamu laboratuvarlarının “gözetimli hizmet laboratuvarı” adıyla oluşturacakları bir yapıyla, hekim olmaksızın her türlü testi yapabilmelerine olanak sağlanması,
5. Muayenehanede yapılabilecek testlerin, Ayakta Teşhis ve Tedavi Yapılan Özel Sağlık Kuruluşları Hakkında Yönetmelikle de çelişen biçimde, hizmetin gerekleri de gözetilmeksizin kısıtlanmış olması,
6. Test bazında referans yetkili laboratuvar olma ölçüt ve görevleri ile ulusal tıbbi laboratuvar ağlarının yapısı ve görevlerinin yönetmelikte belirlenmemiş olması,
7. Kişisel verilerin korunmasına ilişkin kurallar gözetilmeden ve sınırları belirlenmeden, istediği bütün verilerin Sağlık Bakanlığına gönderilmesinin zorunlu tutulması.
